除了本身对患者的巨大危害外，强直性脊柱炎并发症也大都是极为危险的。脊柱作为人体的重要组织之一，一旦发病往往会导致全身性疾病，强直性脊柱炎并发症主要有以下几个方面。
眼睛
百分之二十到四十的强直性脊柱炎并发症会合并有葡萄膜炎与虹彩炎，症状为突发性的单边眼睛红肿充血、刺痛感、畏光及视力模糊通常是两边交替，反复发生，很少两边同时发作。若有葡萄膜炎与虹彩炎，需要找眼科医师好好地治疗，通常可以完全恢复。
肾脏
约15%的强直性脊柱炎并发症会有A型免疫球蛋白肾炎，为无症状的显微性血尿或蛋白尿，幸而A型免疫球蛋白肾炎多半并不会造成肾功能的衰竭，也很少会到洗肾的地步。
为无症状的轻微血尿
心脏
少数病人会合并心脏的侵犯，大多是无症状且轻微的主动脉瓣闭锁不全或传导阻滞或心律不整，很少影响心脏功能，也通常不需要治疗。
强直性脊柱炎并发症并非一定发生，这和患者的实际情况有很大的关系。但是强直性脊柱炎患者一定要重视对这些强直性脊柱炎并发症的预防工作，并且积极进行治疗。
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