据调查研究显示，约60%急性丙型肝炎只要合理应用长效干扰素加上利巴韦林，都可以治愈。而部分急性丙型肝炎会转变为慢性肝炎。
当病毒长期持续感染时，可引起肝细胞的实质性损伤。反复的炎症、损伤、坏死、修复则会导致肝脏纤维化，进而发生肝硬化、肝癌
合并肝硬化增加难治性
肝硬化由于合并肝腹水、腹膜炎、上消化道出血、肝昏迷和肝肾综合征，加大了其治疗难度。需要对患者进行抽腹水、透析、止血、抗感染和口服或鼻饲左旋多巴等治疗。
合并用药增加难治性
治疗期间，由于应用多种药物，难免会加重肝脏的负担，所以治疗困难，预后很差，极可能发展为肝癌。
肝移植的选择面临难题
肝移植是肝癌患者康复的唯一希望，但由于存在难以控制的感染和肾功能损害，以及合并肝性脑病引起的精神症状，使得手术难以进行。
继发异常免疫反应增加难治性
除了肝硬化、肝癌外，慢性丙型肝炎也会引起机体免疫反应的异常，如类风湿性关节炎、干燥性结膜角膜炎、扁平苔藓、肾小球肾炎、混合型冷球蛋白血症、B细胞淋巴瘤和迟发性皮肤卟啉症等。通常需要使用糖皮质激素治疗上述疾病，而糖皮质激素的禁忌证包括抗生素难以控制的感染以及肾功能不全。所以考虑到这些，就不能常规地使用糖皮质激素治疗，增加了治疗的难度。
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