药物治疗是治疗自身免疫性肝炎的首选方式，在激素治疗的基础上选用免疫抑制剂已得到逐步认同。随着病情的发展，用药目的可分为控制病情、维持治疗等，不同治疗目的可选择不同的用药方案。
1、控制病情：活动期自身免疫性肝炎患者可采用1mg/kg强地松控制病情发展，然后逐渐减量10mg/周、5mg/周直至用药剂量为15mg/d，当转氨酶达到正常值2倍以内时可加用硫唑嘌呤1-1.5mg/kg。
2、维持治疗：病情缓解后的患者可采用强地松5-10mg/d加硫唑嘌呤50-100mg/d进行维持治疗，一年后进行肝活检，若炎性反应轻微或正常，可将强地松减量为2.5mg/d，减量后3个月后再次肝活检，若炎性存在或反应加重则恢复原用量。为保证治疗效果，采用维持治疗的时间应至少超过3年。
50%以上的自身免疫性肝炎患者治疗后可出现复发，一般发生在停药后1年内，如采用维持治疗期间出现复发，应进行长期治疗。如药物疗效不佳或已发展至肝硬化，则宜及早进行肝移植，特别是对强地松治疗无效的失代偿期患者，肝移植是唯一的治疗方法。
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