甲型肝炎病毒侵入人体后，先会经历1个月左右的潜伏期。潜伏期后会出现发热、食欲减退、腹胀、恶心、呕吐等不典型的临床表现，所以早期的甲肝很容易被误诊为其他疾病。为了更好地作出诊断，就需要将甲肝与其他病毒性肝炎、中毒性肝炎、胆囊炎进行鉴别。
其他病毒性肝炎
各种类型的病毒性肝炎，包括乙型、丙型、丁型、戊型肝炎、疱疹性肝炎等，均可出现发热和肝区疼痛的急性肝炎表现。鉴别诊断主要依据特异性血清学检查，特别是戊型肝炎和甲型肝炎极其相似，更需要特异性血清学检查进行鉴别。而疱疹性肝炎不仅有发热、腹痛的表现，还会出现皮肤黏膜疱疹，因此只要仔细观察皮肤病变，便可以作出鉴别诊断。
中毒性肝炎
甲肝病人一般会有甲肝感染者接触史或者到过疫区、生食海鲜等相关的生活史。而中毒性肝炎病人会有长期的毒物接触史，他们的职业也往往与化工生产有关，因此从工作环境中吸收了大量的有毒物质。
另外一种中毒性肝炎就是长期不良的服药习惯造成的，如过量服药、违反用药规则联合用药等。只要仔细询问病史，就可以对甲肝和中毒性肝炎进行鉴别。
肝炎和胆囊炎表现很相似，都表现为右上腹疼痛，而且都有皮肤、巩膜黄染但胆囊炎起病更急，腹痛程度更剧烈。通过腹部B超检查可对肝炎和胆囊炎进行鉴别。
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