注射甲肝疫苗是预防甲肝的最有效方式，但有些人在注射后会出现一些不良反应，其中最常见的不良反应有以下三种。
1.注射部位疼痛
注射部位疼痛是注射甲肝疫苗后的最常见不良反应之一，约有56%的人会发生。其原因可能为甲肝疫苗刺激注射部位周围组织产生炎症反应导致疼痛，一般会自行缓解，如果疼痛严重可进行热敷按摩缓解。
注射后要注意注射部位的清洁，以免注射口发生感染。
2.发热
发热也是注射甲肝疫苗后的最常见不良反应，约有20%的人会发生(主要为少年儿童)。这是因为疫苗本身就是一种减低了活性的病毒，在进入人体后机体会产生一系列的免疫反应，而热是机体对疫苗产生反应的外在表现之一，一般不需治疗，可采用物理降温，如冷敷就可缓解。若高烧持续不退就应就医治疗了。
3.消化道不良反应
消化道不良反应是儿童接种甲肝疫苗的出现较多，约有8%的儿童会发生，主要表现为恶心、呕吐、食欲下降或是腹泻等，但症状一般较轻，无需治疗。但是如果症状持续加重，家长就应重视，及时带小孩就医。
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