甲肝除了会损伤肝功能之外，还可以引发肝脏以外的器官的疾病，以各系统的感染最常见。
1.胆道感染
甲肝患者的肝脏是甲肝病毒的主要聚集地，使肝功能受到严重损害，导致肝细胞坏死发生炎症。
当炎症严重进可侵袭到肝内胆管及胆囊，使这些部位也发生炎症，胆管黏膜抵抗细胞的能力下降，发生胆道感染，如急性化脓性胆管炎、胆囊炎等，其中急性化脓性胆管炎是最严重的并发症之一，可使甲肝患者出现感染性休克甚至死亡。因此患者应该积极进行抗病毒治疗，以保护肝功能。
2.呼吸道感染
甲肝患者并发呼吸道感染的主要原因为，感染甲肝后，并不只有肝脏受到损害。甲肝患者肝功能损害严重时可使机体免疫力下降，对细菌病毒的防御功能下降，致病菌易通过肺泡毛细胞或黏膜侵入引发呼吸道感染。
因此患者应该注意环境卫生，减少居住环境中的细菌，降低呼吸道感染的发生率。
3.尿路感染
尿路感染也是甲肝的常见并发症之一，其主要还是与甲肝患者的机体免疫力下降有关。免疫力低下的患者，发生感染所需的细菌数量及密度明显高于正常人。
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