HCV感染的指标有以下两项，可作为丙肝的病原学鉴别诊断依据。
(1)抗-HCV:抗-HCV阳性，表明机体有HCV感染，但不能区分是过去曾经感染已快痊愈还是现在仍然携带有HCV。由于目前检出的抗-HCV不是中和抗体，因此抗-HCV阳性并不代表机体已获得了免疫力。有关研究资料表明，抗-HCV与HCV-RNA密切相关，含有高滴度抗-HCV的血浆仍具有传染性，而且慢性丙肝患者的抗-HCV阳性检出率很高，因此抗-HCV并没有保护作用。
最近有人提出抗-HCVIgM抗体可作为诊断早期HCV感染的指标，其出现早于或与抗-HCVlgG同期出现。
(2)HCV-RNA：应用反转录-多聚酶链反应(RT-PCR)检测血清中HCV-RNA的敏感性很高，只要标本中含有极微量的HCV-RNA即可被检出。并且HCV-RNA阳性表明体内存在HCV现症感染。此外，HCV-RNA还可用于其他体液和组织标本的检测及判断抗病毒治疗的疗效。
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