目前尚无检查能完全替代肠镜，但部分情况下可选择CT结肠成像、粪便潜血试验、粪便DNA检测、胶囊内镜或钡剂灌肠造影作为辅助或替代方案。肠镜仍是诊断结直肠病变的金标准，其他检查各有局限性。
CT结肠成像通过三维重建观察结肠结构，适用于无法耐受肠镜或存在肠镜禁忌症者。该检查无需插入内镜，但需提前清洁肠道并注入气体扩张结肠。对直径超过5毫米的息肉检出率较高，但无法取活检或切除息肉，发现可疑病变仍需肠镜确认。检查过程可能产生辐射暴露，孕妇及儿童慎用。
粪便潜血试验通过检测粪便中血红蛋白筛查消化道出血，适用于结直肠癌初筛。免疫化学法特异性较高，但需多次采样以提高准确性。阳性结果可能提示溃疡、息肉或肿瘤，但无法定位病变，需进一步肠镜检查。该检查易受饮食和药物影响，检测前需避免食用红肉及维生素C。
粪便DNA检测通过分析脱落细胞基因突变筛查结直肠癌，特异性优于潜血试验。可检测APC、KRAS等基因变异及甲基化标志物，对癌前病变也有一定识别能力。但成本较高且灵敏度有限，阴性结果不能完全排除肿瘤可能。目前多用于拒绝肠镜的高危人群监测。
胶囊内镜可拍摄小肠全程图像，对传统肠镜未覆盖的小肠病变有优势。受检者吞服微型摄像头胶囊，但无法主动控制拍摄角度或进行活检。结肠清洁不彻底可能影响观察效果，胶囊滞留风险需提前评估。设备成本高昂且医保覆盖有限，多用于克罗恩病等小肠疾病诊断。
钡剂灌肠造影通过X线显影观察结肠形态，能显示较大的溃疡和肿瘤。双对比造影可提高细小病变检出率，但对平坦型病变敏感性较低。检查过程需肛门插管灌注钡剂和空气，可能引起腹胀不适。发现异常仍需肠镜确诊，目前已逐渐被CT结肠成像取代。
选择替代检查需结合患者具体情况，如年龄、症状、家族史及基础疾病等。高危人群或筛查阳性者最终仍需肠镜确诊。日常应注意增加膳食纤维摄入，减少红肉及加工食品食用，保持规律运动，40岁以上建议定期进行结直肠癌筛查。出现便血、排便习惯改变或不明原因贫血时应及时就医。
