长期使用抗生素可能引发肠道菌群失调、肝肾损伤、耐药性增加、维生素缺乏和继发感染等危害。抗生素滥用会破坏人体微生态平衡，影响免疫系统功能。
抗生素在杀灭致病菌的同时会破坏肠道正常菌群，导致腹泻、腹胀等消化系统症状。益生菌数量减少可能引发伪膜性肠炎，严重时需停用抗生素并补充益生菌制剂。长期菌群紊乱还可能影响营养吸收和免疫功能。
多数抗生素需经肝脏代谢、肾脏排泄，长期使用可能造成转氨酶升高或肾功能异常。头孢类、氨基糖苷类等抗生素具有明确肝肾毒性，用药期间需定期监测肝肾功能指标。老年人和基础疾病患者风险更高。
不规范使用抗生素易导致细菌产生耐药基因，使常见抗生素失效。耐药菌感染后治疗难度大，可能升级为超级细菌感染。世界卫生组织将抗生素耐药列为全球公共卫生重大威胁。
肠道共生菌参与合成维生素K和B族维生素，长期抗生素治疗可能影响这些维生素的生成。表现为凝血功能异常、口腔溃疡等症状，必要时需通过膳食或制剂补充。
抗生素破坏正常菌群屏障后，白色念珠菌等条件致病菌可能过度增殖，引发口腔念珠菌病、阴道炎等二重感染。免疫功能低下者还可能发生深部真菌感染。
使用抗生素期间建议配合益生菌食品如酸奶、泡菜，避免与乳制品同服影响吸收。保持充足饮水促进药物排泄，用药超过1周需复查血常规和肝肾功能。严格遵医嘱完成疗程，不可自行增减药量。日常可通过适度运动、均衡饮食增强免疫力，减少抗生素使用需求。出现严重腹泻、皮疹等不良反应应及时就医调整用药方案。
