丙肝的发病机制至今尚不完全清楚，有的专家认为有如下3种可能。
1.丙肝病毒感染的直接致病作用HCV在肝细胞内复制的同时，引起肝细胞结构和功能改变，或干扰肝细胞内蛋白质合成致肝细胞变性和坏死。
2.与免疫反应有关专家们认为可能表现在以下两个方面：一是细胞介异的免疫性损伤可能是HCV致肝脏病变的主要原因。
具体可能是通过激活病毒特异性细胞毒性T细胞而引起肝损伤。丙肝组织病理学的主要特征之一是汇管区淋巴细胞聚集，甚至形成淋巴滤泡，淋巴细胞的浸润说明与免疫反应有关，但具体阐明有待进一步研究。是与自身免疫有关，HCV感染常伴有自身免疫性疾病的一些临床特征表现。
3.其他因素有可能通过非特异性炎症细胞释放细胞因子，特别是y-干扰素而引起的肝损伤。
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