临床诊断强直性脊柱炎时应注意排除以下容易混淆的疾病：
(1)骶髂关节结核：患者常有结核接触史或患病史，或同时患有肺或他处结核病。
绝大多数(98%)为单侧性，而且女性患者较多。X线片示关节一侧骨质破坏较多，常可见死骨关节破坏严重者可发生半脱位。如有脓肿或窦道鉴别就更容易。
(2)骶髂关节化脓性关节炎：也常见于女性患者，因女性盆腔感染机会较多。初起时局部疼痛显著，发热，白细胞增多，以后炎症可转为慢性。X线片示早期关节间隙增宽，晚期关节边缘腐蚀、致密、硬化或发生骨性强直。病变常为单侧性，腰椎及胸廓活动正常。
(3)致密性髂骨炎：多见于青壮年女性，产后发病者更多，常为双侧性。症状多比较轻微，血沉一般不快。X线片示髂骨一侧明显致密，致密带上宽下窄，略呈肾形，其凹侧面向关节。关节间隙尚好，腰椎活动正常。
(4)脊柱结核：患者也常有结核病接触史或患病史，或同时患有肺或他处结核病。
脊柱活动受限仅见于受累局部，驼背多呈角形。X线片上椎体及椎间盘破坏明显，常见死骨及脓肿阴影。
(5)脊柱化脓性骨髓炎：发病多急骤，体温迅速升高，白细胞增多，局部疼痛明显，椎旁肌肉痉挛，脊柱活动明显受限。身体其他部位常可查出化脓感染病灶。X线片可见椎体或椎间盘破坏，常见死骨和脓肿阴影。晚期骨致密明显。
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