由于阿舒瑞韦有潜在的肝毒性，在肝损害严重的患者药物代谢减慢，不推荐Child-PughB级和C级的肝硬化患者使用。但在肾功能不全的患者中，阿舒瑞韦从体内的消除不受影响，肾衰竭或需要肾透析的患者无须调整药物剂量，可以用于基因1b型丙肝病毒感染伴有肾损害患者的治疗。
阿舒瑞韦，在临床试验中，可能与药物相关的不良反应除ALT升高外还包括：腹胀、腹泻、贫血、皮肤干燥、皮疹、抑郁、肌痛、中性粒细胞减少，大多症状较轻，病人可以耐受。
阿舒瑞韦引起的皮疹发生率明显低于第1代蛋白酶抑制剂和西米普韦，但也有在阿舒瑞韦联合达拉他韦治疗时引起嗜酸性粒细胞增多及全身症状综合征的严重药物反应报道。阿舒瑞韦引起贫血的发生率大约为2%～3%。
最近有研究显示，阿舒瑞韦引起贫血的机制主要为铁缺乏。另外，2016年日本报道1例60岁男性丙肝病毒感染患者在使用达拉他韦联合阿舒瑞韦治疗2个月后出现咳嗽和呼吸困难等症状，诊断为药物相关的肺损伤。
阿舒瑞韦经肝脏代谢，与许多药物有相互作用。目前的研究显示，阿舒瑞韦与抗精神病药硫利达嗪并用时，可增加硫利达嗪的血药浓度，有导致严重室性心律失常和猝死的风险，应禁止同时使用。
阿舒瑞韦与达比加群、他汀类药物、阿米替林、丙咪嗪、去甲替林、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑、泊沙康唑、伏立康唑、右美沙芬、利福平、利福布汀、利福喷丁、咪达唑仑、地高辛、氟卡尼、普罗帕酮等药物有相互作用。在使用阿舒瑞韦治疗前应该咨询医生，避免与一些有相互作用的药物一起服用。
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