丙型肝炎病毒感染的主要危害就是导致慢性肝炎。丙型肝炎的起病大多非常隐匿，易被忽视。约80%丙型肝炎患者最初并不知道自己患病，直至发展为慢性肝病甚至肝硬化和肝癌才被发现;约20%表现为急性肝炎。15%～25%的感染者在感染后6个月内可自发恢复，将病毒清除;75%～85%急性丙型肝炎可发展为慢性丙型肝炎甚至肝硬化和肝癌。
慢性肝病毒感染者中，25%的感染者像乙肝病毒携带者一样肝功能正常、肝脏损害轻微;60%的患者转氨酶轻度升高，肝脏损害为轻-中度的坏死性炎症和极轻度的肝纤维化，他们以后的发展尚不明确，估计其中大部分不会死于肝病。
由于丙型肝炎的临床症状较轻，有的则根本没有症状，不容易被发现，使很多丙肝病毒感染者不能早期发现，而延误了治疗时机。因此，有10%～20%的慢性丙型肝炎病人可能在10～30年里进展为肝硬化;在肝硬化病人中，每年原发性肝细胞癌的发病率为1%～7%。
发生肝硬化和肝癌的患者生活质量明显下降，是慢性丙型肝炎患者的主要死因。其病程越长，治疗难度越大，疾病负担也就越重。因此，丙型肝炎严重威胁人们的健康和生命，给患者的家庭及社会造成巨大的经济负担，是一个严重的社会和公共卫生问题。
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