丙型肝炎与许多因素有关，感染的年龄和性别可影响丙型肝炎的预后。40岁以下人群及女性感染丙肝病毒后自发性病毒清除率较高;40岁以上人群和男性感染者病毒不容易消除，并易发展为肝硬化和肝癌。
感染丙肝病毒后10～30年，肝硬化的发生率一般人群为10%～20%，儿童和年轻女性为2%～9.4%;中年男性为20%～30%。
丙肝病毒的不同感染方式，其预后也不同。因输血而感染者一般发展较快，性传播的感染者预后较好。
这可能与输血后丙肝病毒一次进入体内的病毒量较多有关。酒精与丙型肝炎病情进展有密切的关系。酒精能促进丙肝病毒在人体肝细胞中的增殖，明显加重了病毒血症，还会干扰α干扰素的抗病毒活性，降低了干扰素的疗效。
因此，丙型肝炎中的饮酒者往往更容易发展为肝硬化和肝癌。重叠感染其他肝炎病毒、艾滋病、血吸虫病，合并脂肪肝、使用具有肝毒性的药物或接触有毒物质都会使丙型肝炎雪上加霜，加速肝病的进程，最重要的影响因素是治疗。
由于丙肝病毒不“钻”进肝细胞核，只在胞浆内复制，所以比乙型肝炎容易治愈。感染后抗病毒治疗越早，疗程越长，疗效也越好。
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