丙型肝炎的治疗目标与乙型肝炎和艾滋病不同。丙型肝炎的治疗目标是达到“持续病毒学应答”，也就是说达到完全治愈。
乙肝病毒要进入肝细胞核中，在肝细胞核中cccDNA，然后在以cccDNA为模板复制;乙肝病毒cccDNA的寿命特别长，堪称“与肝细胞共存亡”。所以，目前的药物很难将病毒的cccDNA完全清除，目前的治疗目标只能是长期治疗，“最大限度地抑制乙肝病毒的复制”，期待病毒cccDNA逐渐“耗竭”，才可能达到理想的治疗终点。
艾滋病毒不仅要进入宿主的CD4淋巴细胞的细胞核中，而且会通过“逆转录”的方法在细胞核内生成艾滋病毒的“前病毒”，再与人体细胞核的遗传物质DNA整合为一体，只要被感染的CD4淋巴细胞不死，病毒就会源源不断地从细胞内复制出来，再去感染新的CD4淋巴细胞。
这种手段太阴险了，它可能使人体免疫毫无察觉，免疫系统和药物都无法把病毒从体内清除出去。所以，艾滋病目前的治疗目标只长期抑制病毒复制，重建或维持免疫功能，减少艾滋病相关的发病率和病死率。
但丙肝病毒的复制与乙肝病毒和艾滋病毒不同。丙肝病毒RNA的复制不进入肝细胞核，只在肝细胞质中进行;而且，丙肝病毒RNA分子的寿命很短，其半衰期仅仅10小时，需要不断地在肝细胞质中更新复制。
因此，使用抗病毒药物抑制病毒后，病毒则很容易被清除。只要肝细胞中的病毒被完全清除，则停药后也不会出现病毒学反弹。
因此，丙肝病毒感染是可以完全治愈的，只要抗病毒药物治疗结束后12周或24周用灵敏的方法在血中测不到HCVRNA，就达到了“持续病毒学应答”的治疗目标，也就意味着丙肝病毒感染完全治愈了。
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