临床上，小儿丙肝的诊断分为3个步骤，即临床排除法、特异性诊断、确定诊断。
第一步：临床排除法
凡不符合甲型、乙型、戊型病毒性肝炎的诊断标准，并能够除外巨细胞病毒症状性感染、EB病毒及其他已知原因的肝炎，如药物性肝炎、酒精性肝炎、自身免疫性肝病等的患儿，如流行病学提示为非消化道感染者即可疑似为丙型肝炎。
第二步：特异性诊断
经实验室检查显示血清抗HCV阳性，证实肝脏或肝外组织如唾液腺、脾脏、外周血单核细胞和T淋巴细胞中HCVAg阳性或HCVRNA阳性的患儿，均可作出丙肝的诊断。需要注意的是，由于免疫法检测HCV抗体，需要长期连续检测，并且有将近40%的急性丙型肝炎患者始终检测不到抗HCV，及未标化的多种PCR，因此检测HCVRNA可存在假阳性，此时连续HCVRNA2次阳性的意义更大。
第三步：确定诊断
凡临床诊断为急性、慢性、重症肝炎或肝炎后肝硬化的患儿，需要经过病原学或血清学特异性诊断方法确定为丙型肝炎病毒感染时才能作为丙肝确诊病例。儿童中存在由以上病毒重叠或合并感染的情况，需要加以区分。
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