小儿丙肝患者在临床诊断时，需与如下几个疾病相互鉴别：
1、感染中毒性疾病
小儿肝脏的生物转化功能尚不健全，因此对从体外进入的药物或其他有毒物质以及体内产生的代谢活性物质或终末产物，缺乏足够的灭活减毒能力，也容易引起肝损害和肝功能异常。
另外，一些感染性疾病如败血症、伤寒、传染性单核细胞增多症、钩端螺旋体病、中毒性肝炎、寄生虫病等也常常并发肝功能异常，临床上应注意区别。
2、婴儿肝炎综合征
新生儿肝炎综合综合征或婴儿肝炎综合征作在病院雪上包括可经母婴传播的乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒(HCV)、庚型肝炎病毒(HGV)，还有巨细胞病毒(CMV)、EB病毒、各种肠道病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫等，要明确病原通常较为困难，好在多数新生儿肝炎的临床经过是良好的。
3、营养性疾病
由于小儿慢性肝炎的局部症状并不明显，因此诊断时应在考虑营养不良等常见病的同时，对肝脏情况和HBV血清标志物进行检查。另一方面，近年来有不少营养过剩的肥胖儿童，因肝功能生化检测结果异常而误诊为肝炎的也不少。
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