1989年美国科学家迈克尔·侯顿和他的同事们找到了病毒的基因序列，克隆出了丙肝病毒，并命名本病及其病毒为丙型肝炎和丙型肝炎病毒。
丙肝病毒(HCV)是引发丙型病毒性肝炎的病毒，属于黄病毒科丙型肝炎病毒属。HCV是一种直径30～80nm的球形颗粒，外有脂质外壳、囊膜和棘突结构，内有由核心蛋白和核酸组成的核衣壳。HCV基因组为单组正链核糖核酸(RNA)，全长约9.4kb。基因组两侧分别为5′和3′非编码区，中间为开放读码框架(ORF),5′和3′非编码区(NCR)分别有319-341bp，和27-55bp，含有几个顺向和反向重复序列，可能与基因复制有关。
HCV具有显著异源性和高度可变性，对已知全部基因组序列的HCV株进行分析比较可见，其核苷酸和氨基酸序列存在较大差异，并表现HCV基因组各部位的变异程度不相一致，如5′-CR最保守，同源性在92-100%，而3′NCR区变异程度较高，在HCV的编码基因中，C区最保守、非结构(NS)区次之，编码囊膜蛋白E2/NS1可变性最高称为高可变区。
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